1917年，本會由海南鄉彥、香港商界知名人士周雨亭太平紳士、鄭文波先生領導在港創立，定名「香港瓊崖商會」。租下香港德輔道西83號三樓作為會所。周雨亭太平紳士任理事長，鄭文波先生任監事長。符企周先生、林雨澤先生、何烈臣先生等任理監事。

1917年，本會理事長周雨亭出任保良局丁巳年（1917-1918）總理。

1923年2月，孫中山先生自上海返廣州時途經香港，應邀與香港總督司徒拔會晤及前往香港大學演講，受到港大師生熱烈歡迎。本會監事長鄭文波及其親家楊西巖先生深受孫中山先生的影響，出錢出力支持孫中山先生搞革命，關係非常密切，該次訪港，孫中山先生入住楊西巖先生於港島半山干德道9號家中。

1927年，周雨亭理事長慷慨捐獻巨款，擴建家鄉瓊海中學（現在海南中學的前身）。瓊海中學特建「雨亭樓」以作永久留念。

1928年，海南籍的黃堅來港經商，獲周雨亭理事長邀請加入香港瓊崖商會，充實領導班底。

1930年至1931年間，周雨亭創會理事長捐款興建保良局中座大樓，獲該局燒製瓷相留念，現鑲存於該座大樓關帝廳內。

1933年，周雨亭創會理事長逝世。周文治、黃堅接任本會領導。周文治任理事長，鄭文波後人鄭家鎮等任會董。

1933年，周文治理事長捐巨款在香港大坑道建立香港聖約翰救傷隊總部大廈，1935年5月9日由時任港督貝璐主持總部大廈開幕。總部內建有周雨亭紀念樓，留存至今。

1930年代海南島的地位得到前所未有的重視，國內形成開發海南的輿論熱潮，時任全國經濟委員會委員長的鄉彥宋子文返海南視察全島，奏響海南開發的前奏曲，本會同仁全力配合，支持家鄉建設。1936年11月23日，宋子文經香港返鄉，本會假座告羅士打酒店頂樓設宴歡迎，在歡迎會上，宋子文熱情而感慨地說：「兄弟雖然是瓊州人士，但是從未回過家鄉，許多年來，時時想回去看看，因為沒有相當的時間，總未能如願以償。今天得與許多同鄉歡聚一堂，彷彿是已經回到瓊州，精神上覺得非常愉快。」

1937年5月，本會周文治理事長榮獲香港當局委任為太平紳士。

1939年，日寇侵瓊，本會同仁積極在港救助來港難民，並組織回鄉服務團，支援家鄉抗日反侵略。當年1月，旅居新加坡、馬來西亞、泰國、越南等地的40個瓊崖華僑團體的代表60多人雲集香港，於21-28日在本會周文治理事長任名譽會長的香港南華體育會召開瓊崖華僑代表大會，成立「瓊崖華僑聯合總會」，推選本會周文治理事長以及郭巨川、王謨仁、楊永仁、符致逢、莊松、岑會朝等七人為主席團成員，通過組織章程，選舉宋慶齡為名譽會長，宋子文、陳策為副名譽會長，執委41人，候補執委9人，監委11人，候補監委5人。大會決定將本會組織的回鄉服務團擴大為瓊崖華僑聯合總會回鄉服務團，由符克團長等率團回瓊崖為抗戰服務，經費由總會負責。隨後，總會又發起成立瓊崖難民救濟會等，發動瓊崖華僑捐款、捐物回國支援抗戰和救濟難民，為抗日戰爭、抵禦日寇作出了積極貢獻。

1939年秋天，瓊海中學（現在海南中學的前身）在港復校，陳策任董事長，周文治任副董事長，周成泰等任董事。復校三年，推動戰時教育，並收容海南來港難民逾百人。香港淪陷後，轉回內地繼續辦學。

1941年12月25日，日寇侵佔香港，本會在鄉彥馮裕芳先生的協助下，將數千名海員眷屬安全撤離香港，租賃船隻將海員及其眷屬有計劃分批安全疏散到湛江，並租住一處，形成「海南村」互相照應，同舟共濟。

1945年8月15日，日寇戰敗投降，香港重光。本會會友陸續回港，並積極開展籌備復會事宜。

1946年9月21日，本會假座昌利洋行召集復會第1次會員大會。

1947年4月25日，周文治理事長逝世。9月，黃堅接任理事長。

1948年9月27日，海口遭強颱風侵襲，損失慘重，本會發起救濟。

1949年，本會在港島南灣建立游泳草棚，深受會友歡迎。1957年本會將草棚改建成三合土泳棚，並於當年9月7日落成啟用。黃堅理事長、潘瑞庭監事長、葉能杰副監事長，以及理監事和會員等近百人參加，會眾攜備海南飯糰（海南話：粺珍）、燒肉、牛腩、汽水及啤酒等，在海浴之後來一個愉快的聚餐。

1949年10月1日，中華人民共和國成立，本會是當時香港愛國社團中，為數不多第一時間高懸五星紅旗的社團之一。從此至今，本會每逢10月1日都會高懸五星紅旗，舉行慶祝國慶活動。

1950年1月，本會得悉東華醫院擬將大批難民遣送海南島，本會及時致函香港當局要求終止該計劃，並獲接納。

1952年，由黃堅理事長發起募捐，於1953年集資購置香港皇后大道東23號為永遠會所。

1953年6月，本會申請成為香港中華總商會永遠會員。

1954年4月，本會同仁通過決定，將「香港瓊崖商會」更名為「香港海南商會」，並於1959年註冊為有限公司。

1954年11月22日，本會遷入自置皇后大道東23號會所辦公。

1957年6月5日，本會舉行改建皇后大道東23號會所奠基儀式。由黃堅理事長、符致興副理事長、潘瑞庭監事長和葉能杰副監事長主持。

1957年11月22日，本會舉行新廈落成暨成立40周年紀念，邀請香港中華總商會會長高卓雄主持啟鑰禮。中午在會所設鷄尾酒會款待嘉賓。晚上假座建國酒家設宴聯歡，賓主共約400人參加。

1960年，本會被推舉為香港中華總商會團體會董，直至現在。

1960年2月27日，本會假金陵酒家舉行春節聯歡會，賓主共300多人參加。在聯歡會上，由本會瓊劇組創作的瓊劇《有情人終成眷屬》首次演出，「拍友」顏震東粉墨登場飾花花公子，本會共有10多人參與演出，令觀眾樂而忘返。

1968年，由理事長黃堅發起，集資購置香港駱克道474-476號合宜大廈3字樓為新會所。

1975年9月21日，本會乒乓球代表隊榮獲「75年度第6屆福建杯」男子團體賽亞軍。1976年，本會乒乓球代表隊榮獲香港男子乒乓球團體公開賽季軍。

1976年4月初，本會理事長黃堅及監事長周成泰率領代表團一行10人參觀海南島，在12天的行程中，足跡遍及了海口、澄邁、臨高、儋縣、屯昌、瓊中、保亭、陵水、萬寧、瓊海、文昌和瓊山等12個縣市，行程一千多公里，分別參觀了工廠、公社、農場及學校等。代表團所到之處，都受到當地有關方面負責人的熱情接待，並喜睹家鄉工農業發展，人民生活得到大改善。

1978年，祖國改革開放，本會全力支持。為了方便鄉親回鄉探親及商貿活動住宿，本會集資在海口市興建「僑聯大廈」（現改名為「僑友大廈」）。

1981年3月2日，《大公報》頭版頭條新聞報導，本會會長黃堅於3月1日應邀與廣東省領導在廣州流花賓館座談。黃堅會長提出建議，希望中央、廣東省、海南及海外合作開發海南，把海南闢為特區。參加該次座談的領導有：廣東省副省長劉田夫，廣東省政協主席尹林平，廣東省人大常委會副主任、海南區黨委書記羅天和廣東省人大常委會副主任、海南區黨委副書記蕭煥輝等。

1983年，鑑於中國改革開放後，前往海南探親和商旅日增。本會積極爭取開通第1條由香港至海口飛機和輪船直通航線，以及第1條香港至三亞輪船直通航線。

1983年，本會協助海南有關部門籌建海南大學。黃堅、周成泰、吳多泰等本會同仁捐巨資興建該校第一座辦公大樓──泰堅樓。

1987年6月17日至19日，本會第一次邀請海口市瓊劇團在新光戲院訪港演出，滿足旅港海南鄉親歡看瓊劇的強烈願望。該次演出劇目包括：《刁蠻公主戇駙馬》、《長樂宮》和《秦香蓮後傳》等。

1988年4月，全國人大通過海南建省，本會在港成立「旅港海南同胞慶祝海南省成立籌委會」，隆重舉辦各項慶祝活動，向海外推介海南新貌，海內外名流商紳、香港政府官員、行政立法兩會議員以及會友鄉親熱烈參加，盛況空前。

1989年10月14日，新加坡海南會館、泰國海南會館、香港海南商會、馬來西亞海南會館聯合會、汶萊馬來奕與斯市海南公會、美國南加州海南會館和台北市海南同鄉會等7大海南鄉團組織在新加坡共同倡議並發起創立世界海南鄉團聯誼會。1993年，本會被推選為世界海南鄉團聯誼會常務理事鄉團。1995年12月11日至13日，本會假座香港會展中心主辦「第4屆世界海南鄉團聯誼大會」，由李運強出任大會主席。2011年12月4日至8日，本會假座香港會展中心主辦「第12屆世界海南鄉團聯誼大會、第3屆世界海南青年大會暨2011海南（香港）經貿•旅遊•文化活動周」，張學修為第12屆世界海南鄉團聯誼大會主席，符傳軍為第3屆世界海南青年大會主席。在第12屆大會上，本會成功舉辦「世界海商論壇」，令到「海商」品牌蜚聲國際。

1992年，配合海南改革開放，鼓勵香港商家投資海南，本會在海口市成立「海南港聯房地產有限公司」、「海口市保稅區港華貿易有限公司」，在家鄉開展商務活動。1995年，受內地宏觀經濟調控影響，海南省工商銀行不能再投入資金，導致本會投資的「港聯花園」項目出現危機。1997年3月，本會投資項目所欠下的貸款到期。當時若不依期還清貸款，銀行便將本會按揭的兩個物業拍賣還貸，本會面臨破產危機。當時擔任會長的潘正洲與各位副會長商議對策，經過深入認真策劃，以潘正洲會長個人信譽擔保，將原在廣東省銀行的貸款轉入廖創興銀行；原以本會兩個物業抵押減為一個物業抵押；原每月需付約5萬多元利息給銀行，原有貸款仍屬欠貸，轉為成立「和滿發展有限公司」，以5年分期每月供款的方式攤還本利，從而解除了本會面臨破產的危機。在時任會長潘正洲，當然榮譽會長黃守正，副會長李運強、陳文民、朱南生、邢詒春、黃華康、符傳軍、許書新等支持分攤供款還貸下，本會僅用兩年時間，於1999年10月為本會還清所有借貸的外債。本會經濟從此踏入了穩固發展新階段。2004年3月，會長李運強率常務副會長潘正洲，副會長朱南生、黃華康、邢詒春、符傳軍、王春海、黎輝炳、許書新等歷經周折商談，終於與海口市港聯花園合作對方達成以本會68%、對方32%的比例，分配港聯花園項目轉讓所得收益的決議。本會將收回所得款項（除各項應付未付款），按比例退還本會各同仁所借給本會發展港聯花園項目的款項，還清了本會的內債。

1993年，本會修改會章：從第39屆開始（即1995年起），取消原有的理監事會制，改為會董會、常務會董會制。

1997年6月15日，參與包括本會在內的本港9大社團聯合舉辦的慶祝香港回歸祖國聯歡會，候任律政司司長梁愛詩蒞臨主禮，共同迎接香港回歸祖國。1997年7月1日，香港回歸祖國，本會配合香港特區政府舉辦多種慶祝活動，堅決擁護「一國兩制」和《基本法》，為香港平穩過渡做出貢獻。本會並被推舉為香港工商界同胞慶祝國慶籌委會主席團成員至今。

2002年，海南家鄉遭遇百年罕見水災，本會即時組團赴瓊探訪災區並捐款350,000元賑災。

2002年，本會發起邀請香港中聯辦協調部及雲南旅港同鄉會、香港湖北聯誼會、香港北京海外聯誼會、香港遼寧協聯會、冀魯旅港同鄉會、香港陝西聯誼會、香港四川聯誼會、香港廣西聯誼會、香港貴州聯誼會、江西省旅港同鄉會、香港黑龍江聯誼會、天津聯誼會等14個省市旅港社團合共18位負責人出席座談交流，促進友好合作。

2005年，海南遭遇巨大風災，本會顧問邢李㷧獻捐1000萬元，會長李運強獻捐500萬元，本會文昌、瓊海籍同仁獻捐70多萬元協助賑災。

2005年10月10日，本會同仁獻捐500多萬元，本會財政撥出400多萬元，合共950萬元，購置了九龍尖沙咀山林道卓能中心1字樓全層2577平方英呎作為本會新會所。自喬遷新會所辦公後，本會即添置了較好的電腦系統，秘書處充分利用投影、電郵和網站等新科技開展工作。

2006年，本會購置山林道卓能中心新會所辦公後，原香港駱克道474-476號3字樓會所原擬出租，但放租數月無合適租客。會董會決定推選常務副會長潘正洲、張學修，當然榮譽會長黃守正，副會長黃華康、邢詒春等組成處置本會物業5人小組，全權安排處置本會物業。至當年9月，駱克道物業成功出售。

2007年，本會加入由香港中華總商會等13個團體發起的「香港各界慶典籌備委員會」。自此本會積極參與籌辦香港各界節日慶典活動。

2007年，香港特區政府組織高層代表團，由財政司長唐英年率團出席博鰲亞洲論壇2007年年會，並邀請本會會長張學修，以及當然榮譽會長潘正洲、李運強等三人出席。

2007年4月，本會連同香港廣東社團總會、香港福建社團聯會、香港工商專業協會、香港友好協進會、香港僑界社團聯會、香港廣西社團總會、香港潮屬社團總會聯合會、香港梅州聯會、香港惠州社團聯合總會及各大商號出資贊助特區政府組織的「香港特別行政區政府成立十周年紀念」系列活動中的「同齡同心十載情 齊慶回歸樂昇平」，向在1997年出生的本地兒童贈送禮券，在港消費，與眾同樂。

2007年11月1日，本會購買位於尖沙咀彌敦道111-139，143-161及165-181號栢麗大道A地點地下G62號舖位，並於2008年1月21日完成交吉手續。

2008年5月12日，四川省汶川縣發生8級大地震，造成了巨大破壞，本會及時發動會員捐助支援災區，張學修會長、陳明謙常務副會長代表本會將賑災款項通過中聯辦移交地震災區。

2008年8月31日，本會舉行「熱烈慶祝北京奧運會暨2008海南（香港）經貿活動周圓滿成功」聯歡茶會，近600名會友出席。

2008年10月24日至25日，第2屆世界海南青年大會在泰國曼谷瑞士大酒店隆重舉行，本會應邀組團參加。大會決定，第3屆世界海南青年大會由香港海南商會主辦，2010年在香港舉行，會上舉行了會旗移交儀式。

2009年3月31日至4月3日，本會組團赴瓊參觀訪問，拜訪了海南省人民政府等機構。代表團參加了海南省慈善總會在海南省人民醫院舉行的助醫捐贈儀式，本會同仁向海南省人民醫院捐款購置救護車。訪問團一行還分別參觀了一汽海南汽車公司、潘正洲當然榮譽會長於三亞市海棠灣的酒店地盤及海口市的房地產「海名軒」樓盤、陳明謙常務副會長在海口市投資的房地產項目「時代廣場」寫字樓大廈。

2009年7月1日，由本會等十個瓊屬社團組成的香港海南各界代表，參加慶回歸12周年大巡遊活動，特首曾蔭權、中聯辦主任彭清華、外交部駐港特派員呂新華主禮。本會張學修會長應邀於主禮台就座。

2009年9月17日，陳明謙常務副會長、陳封平副會長、陳明誠秘書長代表本會拜訪勞工及福利局，就香港有關綜合社會保障援助（綜援）計劃及高齡津貼事項向局方反映旅港鄉親意見，要求政府將已推行的綜援長者廣東省及福建省養老計劃擴大到海南省，允許旅港鄉親回老家定居後可繼續享受政府有關援助。

2010年10月，海南發生大水災，損失慘重。本會及時發慰問函給海南省政府，並發信全體會員捐款賬災。在本會首長帶領下，全體會員踴躍認捐，共籌得善款2,000,000元。

2010年12月22日，中國人民解放軍大將張雲逸先生及中華民國海軍上將陳策先生的後代一行7人拜訪本會，雙方進行了友好座談。

2011年2月4日大年初二，本會假座香港會展中心大會堂隆重舉行「辛卯年農曆新年煙花匯演暨第47屆會董就職典禮」儀式。該次煙花匯演出動4艘躉船，燃放了31,888枚各式煙花，銀幕寬度達1公里，歷時23分23秒，是近年之最。張學修會長為主要贊助人。行政長官曾蔭權伉儷、中聯辦副主任黎桂康、外交部駐港副特派員李元明、海南省副省長林方略等蒞臨主禮。

2011年12月4日至8日，本會假座香港會展中心主辦「第12屆世界海南鄉團聯誼大會、第3屆世界海南青年大會暨2011海南（香港）經貿•旅遊•文化活動周」，來自世界25個國家和地區的5000餘名代表赴港出席，海南省委書記羅保銘、海南省代省長蔣定之率領海南省政府代表團參加。

2013年2月11日大年初二，香港中華出入口商會與香港海南商會在香港維港聯合主辦癸巳年農曆新年煙花匯演，並假座香港會議展覽中心大會堂舉行煙花匯演儀式及聯歡宴會。該次煙花匯演由香港海南商會第47屆會長、香港中華出入口商會副會長張學修先生慷慨解囊，再次擔任主要贊助人，玉成盛舉。這也是本會繼2011年獨家贊助農曆新年煙花匯演後的再次贊助。該次煙花匯演新加入激光元素，呈現應節的靈蛇、吉祥圖案，吸引了30多萬市民及遊客觀賞。署理特首林鄭月娥、中聯辦副主任林武、外交部駐港副特派員姜瑜、駐港部隊副政委馮曉林、食物及衛生局局長高永文等蒞臨主禮。2013年6月5日，由本會及香港中華出入口商會聯合主辦的「癸巳年農曆新年煙花匯演」攝影比賽作品展開幕禮暨頒獎禮在香港文化中心大堂舉行。民政事務局常任秘書長楊立門、立法會議員黃定光和馬逢國蒞臨主禮，陳明謙常務副會長代表本會參加主禮儀式。

2013年10月18日到20日，為了共同探討海南熱帶傳染病的課題，本會常務副會長陳明謙陪同由中國工程院院士（醫藥衛生學部）袁國勇教授率團的香港大學醫學訪問團拜訪海南省政府，在本會的協助下，省人大副主任康耀紅先生親切會見了訪問團一行。在瓊期間，訪問團一行分別參觀了海南醫學院、海南省人民醫院和農墾醫院，並在海南醫學院學術大講堂舉行講座，與該學院老師和同學交流。

2014年7月18日，超強颱風「威馬遜」肆虐海南，造成嚴重破壞及傷亡，為協助受災鄉親渡過難關，本會發信籲請會員伸出援手，本會同仁通過各種不同渠道的捐款接近600萬元，充分體現出血濃於水的深厚情懷。

2014年8月17日，本會組織會眾參加由「保普選反佔中大聯盟」舉辦的「和平普選大遊行」，用實際行動表達支持和平、普選，反對暴力與「佔中」的意見，支持理性討論，反對以違法抗爭行為表達訴求。當天活動在本會會長符傳軍，常務副會長陳明謙，副會長周國傳、陳愛玲、潘家德和雲天禮等首長帶領下參加。

2015年11月1日，由本會統籌的第6屆世界海商論壇在悉尼展覽場2號館舉行，該屆論壇主題是「一帶一路 海商帶路」。

2016年8月10日，由中國新華電視主辦的2016「紫荊獎」好客之都․行業傑出貢獻頒獎盛典假座香港四季酒店舉行，本會獲頒「商會聯會—紫荊獎」，符傳軍會長，韓青昊秘書長應邀代表本會出席。

2016年10月11日，本會假座銅鑼灣世貿中心38樓舉行「海南駐香港商務代表處授牌儀式暨經貿推介會」。海南駐香港商務代表處是海南省政府在境外設立的第一批商務代表處。本會是該商務代表處的依托機構，獲委託負責其設立及營運工作。商務代表處將承擔行使引導香港企業走進海南和引導海南企業走向香港乃至世界各國的雙重職責，肩負搭建經貿網絡、宣傳推介海南、開展招商引資、開拓國際市場和服務經貿活動等五大任務。在該活動中，李龍生代表海南省商務廳向本會授牌，由符傳軍會長代表接受。李龍生並代表省商務廳向本會副會長、海南駐香港商務代表處主任潘家德，本會副會長、海南駐香港商務代表處副主任陳閃、本會副司庫、海南駐香港商務代表處副主任韓歡光頒發了聘書。

2017年3月31日，「海南（香港）綜合招商推介會」在香港舉行。海南省委常委、常務副省長毛超峰率領由省商務廳、省旅遊委、省工信廳、省衛計委等部門組成的代表團在香港開展了綜合招商系列活動。菲律賓、沙特等6國駐港領事機構商務官員，德國、加拿大等11國駐港商會負責人，以及香港各界企業代表共120人應邀出席了推介會。

2017年4月1日，海南省委常委、常務副省長毛超峰率領海南省政府代表團蒞臨本會參觀指導，並考察了海南駐香港商務代表處。

2017年，本會隆重慶祝創會100周年，舉辦多項活動，出版紀念特刊和拍攝百年商會宣傳片等。

2017年10月27日，本會百年慶典暨第50屆會董就職典禮假座香港洲際酒店大禮堂隆重舉行，香港特別行政區行政長官林鄭月娥女士應邀蒞臨主禮。為了支持香港大學醫學院微生物學系培育學生及科研領袖進行傳染病研究活動，以及支持該學系提升海南醫學院的專業水平，本會向該學系捐助100萬元。